Per riconoscere gli alberi infetti da Co.Di.R.O. a causa del batterio Xf è utile rilevare non solo il batterio stesso (es. attraverso il test sierologico ELISA2) ma anche le tracce molecolari (attraverso metodi Polymerase Chain Reaction, PCR) indicative di uno stato di infezione precoce, come quelle coinvolte nella risposta allo stress (Bextine et al , 2004; Loconsole et al., 2014).
Le attività di laboratorio del progetto ANTIDOTE si sono concentrate sull’analisi metabolomica, uno degli approcci "omici" che possono essere utilizzati per identificare i fattori coinvolti nell'induzione degli effettori dell'infezione e comprendere la risposta dell'ospite all'infezione, dal momento che l’attacco del patogeno implica un'interazione tra patogeno/ospite. In particolare, l'obiettivo principale è stato quello di costruire un approccio metabolomico non mirato (untargeted) per rilevare, misurando i livelli di migliaia di metaboliti caratteristici in una singola analisi (Patti et al., 2012; 2013), i marcatori di Co.Di.R.O. in grado di discriminare tra alberi sani e infetti. Il metodo analitico selezionato è HPLC-HRMS, cromatografia liquida ad alta risoluzione.
Tuttavia, il metodo HPLC-HRMS (Jorge et al., 2016) è solo un punto di partenza: infatti, potrebbe essere sfruttato il pannello dei biomarcatori ideato da un laboratorio analitico attraverso approcci metabolomici targeted. Questi metodi richiedono una conoscenza a priori dei metaboliti di interesse ma sono più economici, più veloci e più precisi rispetto a quelli untargeted (Wang et al., 2019).
| Autore | Titolo | Anno | Journal/Proceedings | Tipo | DOI/URL |
|---|---|---|---|---|---|
| Wang, S., Alseekh, S., Fernie, A.R. and Luo, J. | The structure and function of major plant metabolite modifications [BibTeX] |
2019 | Molecular plant Vol. 12(7), pp. 899-919 |
article | |
BibTeX:
@article{wang2019structure,
author = {Wang, Shouchuang and Alseekh, Saleh and Fernie, Alisdair R and Luo, Jie},
title = {The structure and function of major plant metabolite modifications},
journal = {Molecular plant},
publisher = {Elsevier},
year = {2019},
volume = {12},
number = {7},
pages = {899--919}
}
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| Patti, G.J., Yanes, O. and Siuzdak, G. | Metabolomics: the apogee of the omics trilogy [BibTeX] |
2012 | Nature reviews Molecular cell biology Vol. 13(4), pp. 263-269 |
article | |
BibTeX:
@article{patti2012metabolomics,
author = {Patti, Gary J and Yanes, Oscar and Siuzdak, Gary},
title = {Metabolomics: the apogee of the omics trilogy},
journal = {Nature reviews Molecular cell biology},
publisher = {Nature Publishing Group},
year = {2012},
volume = {13},
number = {4},
pages = {263--269}
}
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| Patti, G.J., Tautenhahn, R., Rinehart, D., Cho, K., Shriver, L.P., Manchester, M., Nikolskiy, I., Johnson, C.H., Mahieu, N.G. and Siuzdak, G. | A view from above: cloud plots to visualize global metabolomic data [BibTeX] |
2013 | Analytical chemistry Vol. 85(2), pp. 798-804 |
article | |
BibTeX:
@article{patti2013view,
author = {Patti, Gary J and Tautenhahn, Ralf and Rinehart, Duane and Cho, Kevin and Shriver, Leah P and Manchester, Marianne and Nikolskiy, Igor and Johnson, Caroline H and Mahieu, Nathaniel G and Siuzdak, Gary},
title = {A view from above: cloud plots to visualize global metabolomic data},
journal = {Analytical chemistry},
publisher = {ACS Publications},
year = {2013},
volume = {85},
number = {2},
pages = {798--804}
}
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| Loconsole, G., Potere, O., Boscia, D., Altamura, G., Djelouah, K., Elbeaino, T., Frasheri, D., Lorusso, D., Palmisano, F., Pollastro, P. and others | Detection of Xylella fastidiosa in olive trees by molecular and serological methods [BibTeX] |
2014 | Journal of Plant Pathology Vol. 96(1), pp. 7-14 |
article | |
BibTeX:
@article{loconsole2014detection,
author = {Loconsole, G and Potere, O and Boscia, D and Altamura, G and Djelouah, K and Elbeaino, T and Frasheri, D and Lorusso, D and Palmisano, F and Pollastro, P and others},
title = {Detection of Xylella fastidiosa in olive trees by molecular and serological methods},
journal = {Journal of Plant Pathology},
year = {2014},
volume = {96},
number = {1},
pages = {7--14}
}
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| Jorge, T.F., Rodrigues, J.A., Caldana, C., Schmidt, R., van Dongen, J.T., Thomas-Oates, J. and António, C. | Mass spectrometry-based plant metabolomics: Metabolite responses to abiotic stress [BibTeX] |
2016 | Mass Spectrometry Reviews Vol. 35(5), pp. 620-649 |
article | |
BibTeX:
@article{jorge2016mass,
author = {Jorge, Tiago F and Rodrigues, João A and Caldana, Camila and Schmidt, Romy and van Dongen, Joost T and Thomas-Oates, Jane and António, Carla},
title = {Mass spectrometry-based plant metabolomics: Metabolite responses to abiotic stress},
journal = {Mass Spectrometry Reviews},
publisher = {Wiley Online Library},
year = {2016},
volume = {35},
number = {5},
pages = {620--649}
}
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| Bextine, B., Tuan, S.-J., Shaikh, H., Blua, M. and Miller, T. | Evaluation of methods for extracting Xylella fastidiosa DNA from the glassy-winged sharpshooter [BibTeX] |
2004 | Journal of economic entomology Vol. 97(3), pp. 757-763 |
article | |
BibTeX:
@article{bextine2004evaluation,
author = {Bextine, Blake and Tuan, Shu-Jen and Shaikh, Harris and Blua, Matthew and Miller, TA},
title = {Evaluation of methods for extracting Xylella fastidiosa DNA from the glassy-winged sharpshooter},
journal = {Journal of economic entomology},
publisher = {Oxford University Press Oxford, UK},
year = {2004},
volume = {97},
number = {3},
pages = {757--763}
}
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